В итоге мне удалось решить проблему, аналогичной описанной в ветке http://www.passat-club.ru/forum/threads/6850. Трос переключения передач DSG задевал за металлическую термозащиту выхлопного тракта, даже порвал её локально в месте контакта. Решили отгибом защиты и звуки полностью исчезли.